Hiện nay quỹ bình ổn xăng dầu đang hoạt động theo nguyên tắc trích lập trước, chi sau qua giá. Các chuyên gia cho rằng, nguyên tắc này không giúp hạ thấp chi phí xăng dầu. Cùng đó, Quỹ bình ổn xăng dầu có xu hướng trích lập khi giá thế giới kỳ trước giảm và ngược lại. Ngoài ra, việc trích lập khi giá thế giới tăng cũng khá phổ biến. Nhiều ý kiến cho rằng, nguyên tắc này không đảm bảo "bình ổn" và Quỹ bình ổn xăng dầu chưa thực hiện tốt chức năng bình ổn giá.
